
抗菌肽(AMPs)是一类广泛存在于自然界生物体中的小分子多肽。作为下一代抗菌药物,AMP具有广谱抗微生物活性,被誉为“天然抗生素”,针对性强,且其耐药性演变速度很低。抗菌肽的应用领域十分广泛,已成为科研新热点。
近日,一项发表在《Nature reviews microbiology》的综述性文献,详细为大家介绍了抗菌肽的结构特征、作用机制及耐药应对策略,并强调其在人类、动物健康及农业中的广阔应用前景。随着抗生素的滥用,越来越多的学者开始关注AMPs的研究,如何利用现有数据分析AMP?凌恩生物给您提供两套方案。
方案1
凌恩生物基于已有的抗菌肽数据库(APD),新增宏基因组抗菌肽注释分析流程,助力多领域研究人员深入挖掘APM。APD数据库包含5099种肽,包括来自6个界的3,306种天然AMP(410种来自细菌,5种来自古细菌,8种来自原生生物,29种来自真菌,268种来自植物,2580种来自动物)、1299种合成APM以及231种预测AMP,包含25类功能/活性类型。
展开剩余58%并且,APD数据库注释属于标准分析哦~ ~
图1 APD数据库主页
方案2
如果您想深层次的挖掘新的AMP,也可以!
凌恩生物根据Cell文章思路(链接:Cell | 抗菌肽怎么分析?),开发出基于宏基因组的高级分析——深度挖掘不同生境中AMP种类和功能!多个软件同时分析AMP相关peptide,可提供每种软件预测的AMP相关gene ID和peptide序列,并给到AMP相关肽的软件得分。
图2 AMPSphere由来自数千个宏基因组和微生物基因组的非冗余cAMPs组成
凌恩将提供“宏基因组抗菌肽深度挖掘”一站式分析体系,助力高效发现功能肽!快来联xi吧~
参考文献
[1]Antimicrobial peptides: structure, functions and translational applications.Nature reviews microbiology,2025.
[2]Discovery of antimicrobial peptides in the global microbiome with machine learning. Cell. 2024.
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